Suite à des travaux préparatoires à la mise en oeuvre de l'inventaire continu et permanent des ZNIEFF menés en 2013-2014, la DREAL Aquitaine a chargé le CBN Sud-Atlantique et l'Observatoire Aquitain de la Faune Sauvage de la reprise du secrétariat scientifique et technique, pour les volets respectivement "Flore & habitats naturels" et "Faune". Cette mission rejoint la mission coeur du CBN consistant en "l'élaboration et la mise en oeuvre de l'inventaire du patrimoine naturel" ainsi qu'à procéder à "l'identification et la conservation des éléments rares et menacés" (art. L414-10 du code de l'environnement) dans les domaines de la flore sauvage et des habitats naturels et semi-naturels. Rappelons que la modernisation des ZNIEFF, dont le GEREA (bureau d'études) était chargé jusqu'à présent, s'est terminée en Aquitaine en 2014.

Une nouvelle organisation du secrétariat scientifique a ainsi été validée par le Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel (CSRPN) d'Aquitaine en date du 8 octobre 2014, le CSRPN ayant la responsabilité scientifique de la mise en oeuvre de l'inventaire des ZNIEFF. 

L'intégralité des archives ZNIEFF sur la flore et les habitats naturels a été récupérée par le CBN Sud-Atlantique dans le cadre des travaux préparatoires. L'exploitation de ces archives est lancée de façon à permettre leur intégration dans le système d'information de l'Observatoire de la Flore Sud-Atlantique qui constitue l'outil de gestion de ces données. Les données précisément géoréférencées de localisation des espèces déterminantes notamment, sont ainsi progressivement saisies et validées. 

L'inventaire en continu des ZNIEFF sera lancé en 2015 et sera conduit en synergie avec la mise en oeuvre des programmes d'inventaires systématiques. Il devra notamment permettre d'actualiser les informations de présence d'espèces déterminantes liées à ces zonages, d'actualiser le périmètre de ces zonages et d'identifier de nouvelles zones à enjeux méconnues qui n'auraient pas déjà été identifiées dans les inventaires précédents (création de nouvelles ZNIEFF). 

La révision de la liste des espèces végétales déterminantes pour la flore vasculaire est prévue pour 2016-2017 et se fera à l'issue de l'élaboration actuellement en cours de la Liste rouge de la flore vasculaire d'Aquitaine (dont la publication est prévue pour fin 2016). L'élaboration d'une pré-liste des habitats déterminants est prévue pour 2015. L'élaboration des listes d'espèces déterminantes pour les "Bryophytes" (s.l.), Lichénophytes, Algues et Champignons est également prévue à plus long terme.