Depuis 2011, le CBN Sud-Atlantique, avec le soutien de la DREAL et en collaboration étroite avec les animateurs de sites Natura 2000, met en place un réseau de suivi de l’état de conservation des habitats d’intérêt communautaire (HIC) d'Aquitaine. Ce projet de long terme a été planifié sur des cycles de 6 ans, conformément à la périodicité fixée pour le rapportage que l'Etat français doit faire à la Commission européenne pour l'évaluation de l'état de conservation des habitats d'intérêt communautaire qui a lieu tous les 6 ans.
Ainsi, selon le schéma mis en place en Aquitaine, chaque année est consacrée à l’élaboration d'une méthode adaptée et à la mise en place d’un suivi pour un groupe d’habitats d’intérêt communautaire présentant des spécificités d’étude et d’évaluation similaires. À terme, la plupart des habitats d’intérêt communautaire devraient bénéficier d’un dispositif de suivi.
Le premier cycle 2011-2016 aura ainsi permis d'adapter et de mettre en place des dispositifs de suivis pour les grands milieux suivants :
Le deuxième cycle 2017-2022 a été engagé en 2017 sur les milieux suivants :
- les lagunes en 2017
- les rives des étangs arrières-littoraux en 2018
- les végétations calcicoles à l'échelle de la Nouvelle-Aquitaine en 2019-2020, correspondant aux 3 types d'habitats suivants : pelouses calcicoles et végétations associées des coteaux calcaires, prés paratourbeux et bas-marais alcalins, parois suintantes à travertin (Cratoneurion)
Ce deuxième cycle permettra de réaliser les deuxièmes lectures de suivis sur les sites déjà suivis, permettant ainsi des analyses diachroniques sur l'évolution des végétations. Il visera également à compléter et élargir l'échantillonnage sur d'autres sites, notamment en déployant le réseau de sites suivis à l'échelle de la Nouvelle-Aquitaine à partir de 2019 en partenariat avec le CBN du Massif central, le CBN des Pyrénées et l'ensemble des animateurs de sites Natura 2000 concernés et intéressés.
L'année 2018 sera également consacrée à l'évaluation nationale de l'état de conservation des habitats d'intérêt communautaire, en vue du rapportage à l'Europe prévu tous les 6 ans. Comme en 2006-2007 et 2012-2013, les CBN participeront activement à cette évaluation en prenant en charge l'évaluation de l'état de conservation des espèces végétales et la plupart des habitats d'intérêt communautaire terrestres. Cette évaluation bénéficiera des travaux mis en place dans le cadre de ce schéma pluriannuel, ainsi que de la centralisation des cartographies des habitats naturels à travers l'OBV et des nombreux travaux menés sur l'amélioration des connaissances des habitats naturels ces dernières années.
Rappelons par ailleurs que le programme Sentinelles du climat, lancé en 2016 pour 6 ans et visant à mettre en place des dispositifs de suivis permettant d'évaluer les conséquences des changements climatiques sur le long terme, s'appuie notamment sur ce réseau de suivis et permet également de contribuer à la mise en place d'un réseau plus étendu sur le territoire.
L'ensemble de ces démarches contribue à la structuration progressive d'un Observatoire des habitats naturels de Nouvelle-Aquitaine, pleinement intégré à l'Observatoire de la biodiversité végétale de Nouvelle-Aquitaine qui en constitue l'outil central.
Avec le soutien financier de la DREAL Nouvelle-Aquitaine et de l'Europe à travers les fonds européens Natura 2000.